四羟甲基硫酸磷一般情况下使用是没有副作用的，在有效的使用浓度范围内是比较环保的。但是不排除有的情况下，缺乏化学知识的朋友大量的，反复，长期使用就会产生磷的危害。

四羟甲基硫酸磷在水中或一定氧化条件下，最后生成正磷酸盐类物质，比例磷酸钠，磷酸钾，磷酸钙等等，磷酸盐是水域中浮游植物的营养盐之一，其主要作用是活性磷酸盐，浮游植物在合适的氮磷比范围内且在过量提供的条件下，生长旺盛，某些藻类的个体数量还会突发增殖，更有甚者藻类的种类会减至二三种，破坏了生态结构，造成缺氧环境。

所以，在使用季鏻盐的时候，需要与其他的化学品，比如过硫酸氢钾，高铁酸钾等交替使用，同时不定期检测水体含磷量，控制在合理的正常水平才不会有危害。